A criação da biblioteca do Jardim Botânico do Rio de Janeiro, em 1890, fez parte de um projeto institucional integrado que João Barbosa Rodrigues elaborou ao assumir a direção do Jardim Botânico do Rio de Janeiro. Sua coleção teve origem a partir da doação de obras do acervo particular de dom Pedro II a Barbosa Rodrigues quando, em 1889, a família real partiu para o exílio – o mesmo imperador que tornou possível a publicação da monumental Flora brasiliensis, com apoio financeiro à realização do projeto.
Os resultados dessas viagens foram a base de publicações individuais magníficas e pioneiras sobre a biodiversidade brasileira.
Mas nenhuma se compara à vastidão e abrangência daquela que viria a ser a nossa mais celebrada obra botânica. Coordenada pelo mesmo Martius, a Flora Brasiliensis nasceu e só foi possível graças a essas grandes viagens.
O acervo da biblioteca é composto por livros, obras de referência, teses e dissertações, periódicos científicos e mais de 4 mil obras raras. A mais antiga delas é uma edição de 1565, a obra Commentarii in sex libros Pedacci Dioscordis Anazarbei De medica materia, de Pietro Andrea Mattioli. O livro traz ilustrações e descrições de plantas, animais e minerais que eram utilizados para fins terapêuticos no século XVI.
Do século XIX são significativos e dignos de destaque os livros e atlas de viajantes que percorreram o Brasil e países da América Latina em busca de conhecimento sobre a flora e a fauna do novo mundo. O leitor tem acesso a preciosidades como as obras de Carl Friedrich Philipp von Martius e Johann Baptist von Spix, além de títulos de Auguste de Saint-Hilaire, Louis Agassiz, Alexander von Humboldt e Aimé Bonpland.
As publicações de Carl Friedrich Philipp von Martius e Johann Baptist von Spix, frutos de sua viagem ao Brasil, destacam-se nesse acervo por sua grande contribuição científica e pela qualidade e beleza de suas ilustrações.
Ao longo de 130 anos de existência, a Biblioteca Barbosa Rodrigues teve seu acervo cuidadosamente formado pelos ilustres dirigentes do Jardim Botânico do Rio de Janeiro, destacando-se João Barbosa Rodrigues, Antônio Pacheco Leão e Paulo Campos Porto, que priorizaram a aquisição de importantes coleções de periódicos científicos nacionais e estrangeiros, alguns dos quais, no Brasil, só existem nessa biblioteca.